Η Γερμανική κατοχή (Οκτώβριος 1943-Μάϊος 1945)
Με την κήρυξη του Β΄Παγκοσμίου πολέμου αναπτερώθηκαν οι ελπίδες των Κώων για την απελευθέρωση του νησιού μας. Η ανταπόκριση των Δωδ/σίων στο προσκλητήριο του αγώνα εναντίον της Ιταλικής εισβολής στην Ελλάδα στις 28 Οκτωβρίου 1940 ήταν άμεση και αποφασιστική και αρκετοί στρατολογήθηκαν οικειωθελώς.Κατά την διάρκεια του οι σιδερόφρακτες μεραρχίες του Χίτλερ, αφού κατάκτησαν την Ηπειρωτική Ελλάδα
και τα νησιά (Απρίλιος 1941) στη συνέχεια κατέλαβαν την Κρήτη, αν και οι κάτοικοί της αντιστάθηκαν ηρωϊκά. Παρά την παρουσία ισχυρών Ιταλικών στρατευμάτων στη Δωδ/σο, οι Γερμανοί εγκατέστησαν στα μεγαλύτερα νησιά και σε καίρια σημεία φρουρές, από έλλειψη εμπιστοσύνης προς τους συμμάχους τους.Τη συνθηκολόγηση της Ιταλίας και την άφιξη των Αγγλικών δυνάμεων (Σεπτέμβριος 1943) ακολούθησαν οι συνεχείς εχθρικές αεροπορικές επιθέσεις, που προετοίμασαν την επικείμενη γερμανική εισβολή στα Δωδ/σα.Η Γερμανική εισβολή στην Κω από θάλασσα και αέρα (Επιχείρηση ¨Εis baz¨= πολική αρκούδα) έγινε τον Οκτώβριο του 1943 και η Γερμανική κατοχή κράτησε μέχρι το Μάϊο του 1945.Οι Γερμανοί που αποβιβάστηκαν στο νησί στις 3-10-1943 από τρία σημεία (Τιγκάκι-Αγ.Ζαχαρίας-Ερημίτη βουνοκορφή), ήταν οπλισμένοι με όλμους, χειροβομβίδες, πυροβόλα και διέθεταν μηχανοκίνητα). Στο Καμάρι της Κεφάλου ρίφθησαν 200 περίπου αλεξιπτωτιστές της επίλεκτης Μεραρχίας Brandenpurg. Διοικητής των επιχειρήσεων ήταν ο στρατηγός Friedrich Wilhelm Muller, που αργότερα καταδικάστηκε από στρατοδικείο σε θάνατο.
Με τις πρώτες επιθέσεις οι Ιταλικές μονάδες αποκόπηκαν και διασκορπίστηκαν, ενώ ένα τμήμα πυροβολικού στην Αντιμάχεια παραδόθηκε.Ταυτόχρονα ο Άγγλος Συνταγματάρχης Kenyon διέταξε τους άνδρες του να διαφύγουν προς τα Μικρασιατικά παράλια, για να αποφύγουν την αιχμαλωσία και το θάνατο.Ενώ η εισβολή βρισκόταν σε εξέλιξη, τα Γερμανικά στούκας σφυροκοπούσαν απ'άκρη σ'άκρη το νησί. Βόμβα που έπεσε σε καταφύγιο της Καρδάμαινας σκότωσε 9 αθώους πολίτες. Μέσα σε 2 ημέρες οι Γερμανοί ήταν ουσιαστικά κυρίαρχοι του νησιού, βοηθούμενοι και από τους Ιταλούς φασίστες του Λογαχού Nasca. Βάναυσα και απάνθρωπα συμπεριφέρθηκαν οι γερμανοί προς τους πρώην συμμάχους τους Ιταλούς στρατιώτες, που δεν κατάφεραν να διαφύγουν στα βουνά και στα Τουρκικά παράλια. Οι Ιταλοί αξιωματικοί που αρνήθηκαν να συνεργασθούν με τους Γερμανούς, εκτελέσθηκαν χωρίς δίκη στις 5 Οκτωβρίου στην τοποθεσία Νιδιές-Λινοπότη <εφ'ενός ζυγού> κατά μαρτυρία Ιταλού στρατιώτη
και του Ιστορικού Eduardo de Fino. Ήταν μια αποτρόπαιη πράξη, που απέδειξε τον απάνθρωπο χαρακτήρα του ολοκληρωτικού καθεστώτος του Ναζισμού.
Με την επικράτηση των Γερμανών στην Κω αρχίζει μια περίοδος τρομοκρατίας και βαρβαρότητας που κράτησε ενάμιση χρόνο και ήταν από τις χειρότερες στην ιστορία του.Οι Ναζιστές λεηλατούσαν χωριά και πόλη και συμπεριφέρονταν στους πολίτες υπεροπτικά, βάναυσα και απάνθρωπα.
Για εκφοβισμό και παραδειγματισμό, από ασήμαντες αφορμές, απαγχονίστηκαν δύο απλοϊκοί άνθρωποι. Στις 28 Νοεμβρίου 1943 ο Ηλίας Καπίρης στην πλατεία Ελευθερίας της Κω και στις 18 Δεκεμβρίου ο Γιώργος Ζουμπουλίκος στο προαύλιο της Αγίας Τριάδος στην Αντιμάχεια.
Το 1944 ελευθερώθηκε η Ελλάδα από τους Γερμανούς, αλλά η Δωδ/σος παραμένει στην κατοχή τους.Το δράμα του πολέμου τελείωσε στις 8 Μαϊου 1945 με την συνθηκολόγηση των Δυνάμεων του Άξονα και την χωρίς όρους παράδοση της Δωδεκανήσου στους Συμμάχους.